Ao serviço do Benfica desde 2017/18, depois de ter iniciado o percurso no SC Mineiro Aljustrelense, José Neto percorreu todos os escalões da Formação encarnada, conquistando 4 Campeonatos Nacionais e afirmando-se como uma das principais promessas da defesa benfiquista. O ano de 2025 ficou marcado por vários momentos de relevo. Ao serviço de Portugal, conquistou o Campeonato da Europa e o Campeonato do Mundo de Sub-17, competição na qual participou em 8 jogos, marcou 4 golos e fez 2 assistências, desempenhando um papel determinante na campanha da Seleção Nacional. A afirmação culminou com a estreia pela equipa principal do Benfica a 10 de dezembro de 2025, frente ao Nápoles, na Liga dos Campeões. Quatro dias depois somou os primeiros minutos na Liga Betclic e, em fevereiro de 2026, estreou-se como titular pela formação orientada por José Mourinho, no triunfo sobre o AFS. Na época 2025/26, o lateral-esquerdo representou quatro equipas do Benfica – principal, B, Sub-23 e Sub-19 –, acumulando 29 jogos e um golo. Pela equipa A, disputou 3 encontros, 2 na Liga Betclic e um na Liga dos Campeões, antes de assinar um contrato de longa duração com o Clube. Em 2026/27 fez o primeiro jogo como titular do Benfica nas competições europeias, frente ao Hearts, na 2.ª mão da 3.ª pré-eliminatória de acesso à fase de liga da Liga Europa.